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Ontologie volumineuse et cache disque

Gene Ontology (GO) est une ontologie très utilisée en bioinformatique qui est assez volumineuse (près de 200 Mo). Le chargement de GO, à l’aide de la commande suivante, prend plusieurs dizaines de secondes, voire quelques minutes, en fonction de la puissance de l’ordinateur et du temps de téléchargement du fichier OWL (environ 170 Mo) : Gene Ontology

>>> go = get_ontology("http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl").load()

Par défaut, Owlready stocke le quadstore contenant l’ontologie au format RDF en mémoire vive. À la fin de l’exécution du programme Python, le quadstore est perdu, et le fichier OWL devra être rechargé la prochaine fois. Afin d’éviter ces rechargements longs, il est possible de placer le quadstore sur le disque, à l’aide de la méthode default_world.set_backend(). Quadstore set_backend()

Ensuite, default_world.save() permet de l’enregistrer. Par exemple : save()

>>> default_world.set_backend(filename = "quadstore.sqlite3")  
>>> go = get_ontology("http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl").load() 
>>> default_world.save()

Nous avons ici utilisé un chemin de fichier relatif pour le quadstore, nous aurions pu indiquer un chemin absolu (par exemple "/home/jiba/owlready/quadstore.sqlite3" sous Linux/Mac ou "C:\\owlready\\quadstore.sqlite3" sous Windows).

Pour charger ...