Introduction

Depuis une dizaine d’années, les ontologies formelles se sont largement imposées en informatique pour structurer les données et les connaissances. En parallèle, le langage de programmation Python s’est de plus en plus répandu dans l’enseignement, l’entreprise et la recherche. Cependant, il n’existe à ce jour que très peu d’outils et d’ouvrages dédiés à l’utilisation des ontologies en Python. En fait, la plupart des livres ou des tutoriels sur les ontologies restent assez théoriques et n’abordent pas la programmation, ou bien ils se limitent à des langages complexes comme Java.

Ce problème est particulièrement flagrant dans le domaine biomédical, où les ontologies et Python sont très utilisés. Trop souvent, dans mon quotidien d’enseignant-chercheur en informatique médicale à l’université Paris 13, j’ai vu des étudiants et des ingénieurs construire des ontologies qui, par la suite, n’ont pas ou peu été utilisées. Les fichiers sont restés au fond d’une clef USB, faute d’avoir pu intégrer facilement les ontologies aux logiciels existants...

Ce livre existe pour combler ce manque. Il montre comment utiliser Python pour accéder facilement aux ontologies et les publier sous forme de sites web dynamiques, pour construire de nouvelles ontologies, effectuer des raisonnements automatiques, ...