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Exemple : un « site de rencontre » pour les Protéinesprotéines

À présent, nous allons utiliser les fonctionnalités du module go_partie_de.py pour réaliser un « site de rencontre » pour les protéines. Ce site permet d’entrer deux noms de protéines, et de déterminer dans quels compartiments de la cellule elles peuvent se rencontrer (si c’est possible !). D’un point de vue biologique, cela est important, car deux protéines qui n’ont pas de « site de rencontre » commun ne peuvent pas interagir ensemble.

Pour cela, nous utiliserons :

  • Le module Python Flask, pour faire un Site web dynamiquesite web dynamique (voir chapitre Accéder aux ontologies en Python, section Exemple : créer un site web dynamique à partir d’une ontologie). Flask

  • Le module Python MyGene, pour effectuer des recherches sur le serveur MyGene et récupérer les concepts GO associés à chacune des deux protéines. Ce module permet de faire des recherches sur les gènes (et les protéines qu’ils codent). MyGene s’utilise de la manière suivante : MyGene Gènes

import mygene  
mg = mygene.MyGeneInfo()  
dico = mg.query(’name:"<nom_de_gene>"’,  
               fields = "<champs recherchés>",  
               species = "<espèce>", ...