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Exemple: peupler une ontologie à partir d’un fichier CSV

Le Peuplementpeuplement d’une ontologie consiste à créer un grand nombre d’individus (ou éventuellement de classes). Ceci est souvent réalisé à partir de ressources externes, comme des fichiers Tableurtableurs (LibreOffice Calc, Excel...). Ces fichiers peuvent être enregistrés au format CSVCSV, facilement lisibles en Python.

Le module Python csv permet de lire et d’écrire facilement des fichiers CSV en Python. Il contient deux classes, csv.reader et csv.writer, respectivement pour la lecture et l’écriture. Chacune prend comme paramètre un fichier ouvert. La fonction next() permet d’obtenir la ligne suivante d’un reader.

Dans les deux sections suivantes, nous verrons un exemple de peuplement de l’ontologie des bactéries avec des individus, puis avec des classes.

1. Peuplement par des Individusindividus

Le tableau ci-dessous montre un exemple simple de fichier CSV décrivant des individus de la classe Bactérie. Ce fichier est nommé peuplement_individus.csv, voici à quoi il ressemble :

images/p65.png

Lorsqu’une bactérie a plusieurs regroupements, elle peut être décrite sur plusieurs lignes (par exemple la bactérie bact3 sur la figure précédente). Le programme suivant permet de peupler l’ontologie avec des individus créés à partir des données du fichier CSV :

# Fichier peuplement_individus.py ...