Les packages

dplyr, devtools, foreign, cluster, ggplot2… sont les packages les plus téléchargés en 2016, selon le blog Revolution Analytics dédié aux news sur R. Qu’est-ce donc qu’un package ? Structurellement, un package est une collection de fonctions, de jeux de données et d’objets structurés et documentés. Les packages sont des outils incontournables dans R, on ne peut pas faire sans ! Par défaut, lorsque le noyau R est installé, il contient déjà des packages, à savoir base, graphics, grDevices, methods, et utils, l’équivalent de ce qu’on appelle la bibliothèque standard dans les langages tels que C/C++ ou Python, qui sont automatiquement chargés dans l’environnement R au démarrage du noyau.

Mais la plupart du temps, on est amené à charger manuellement les packages après les avoir téléchargés.

1. Gestion des packages

a. Télécharger et installer un package

Cas d’un package sur CRAN

CRAN (Comprehensive R Archive Network) est le dépôt officiel et le plus populaire des packages R, on a bien entendu également Bioconductor, mais aussi MRAN (Microsoft R Application Network), qui offre un outil de recherche de package sur CRAN) plus récent depuis Microsoft R Open. On y trouve plus de 10 000 packages à ce jour, téléchargeables gratuitement avec la fonction install.packages(). Voici un exemple d’installation...

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