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Exemple : utiliser Gene Ontology et gérer les relations « partie-de » Gene Ontology

Gene Ontology (GO) est une ontologie très utilisée en bioinformatique (voir chapitre Accéder aux ontologies en Python, section Ontologie volumineuse et cache disque). GO se compose de trois parties : les processus biologiques, les fonctions moléculaires et les composants de la cellule. Cette troisième partie décrit les différents éléments d’une cellule : membranes, noyau, organites (tels que les mitochondries)... Elle est particulièrement complexe à gérer, car elle comprend à la fois une hiérarchie d’héritage « classique » avec des relations « est-un », mais aussi une hiérarchie de relation « partie-de ». Dans cette dernière, appelée Méronymieméronymie, il s’agit de décomposer la cellule en sous-parties, puis en sous-sous-parties... La racine de cette hiérarchie est donc la cellule entière, et les feuilles, les parties indivisibles. Est-un Partie-de

OWL et Owlready possèdent des relations et des méthodes pour gérer la hiérarchie d’héritage (subclasses(), descendants(), ancestors()... voir chapitre Accéder aux ontologies en Python, section Classes). En revanche, il n’existe pas de relation standard OWL pour la méronymie, ni de méthodes spécifiques dans ...