Sommaire

Exemple : une ontologie des bactéries

Afin d’illustrer la construction d’une ontologie et les possibilités qu’elle peut offrir, nous allons prendre pour exemple une ontologie sur les bactéries. Elle aura pour objectif de décrire les bactéries et leurs caractéristiques physiques et chimiques. Nous nous limiterons cependant à quelques caractéristiques simples et à un petit nombre d’espèces pour des raisons évidentes de concision. Je m’excuse par avance auprès de mes lecteurs biologistes, pour les simplifications parfois grossières que nous serons amenés à réaliser, la conception d’une ontologie complète et exacte des bactéries constituerait un véritable travail de recherche à part entière !

Nous retiendrons seulement les trois caractéristiques suivantes pour décrire les bactéries :

  • leur forme : les bactéries peuvent être rondes ou allongées,

  • leur regroupement : les bactéries peuvent être isolées les unes des autres, ou bien groupées par deux, en amas, ou en chaînes qui peuvent être courtes (chaînettes) ou longues (filaments),

  • leur statut Gram : les bactéries Gram + sont colorées par le test de Gram, contrairement aux bactéries Gram -.

images/p31_tableau_bacterie.png

Figure 3.1 - Classification des bactéries selon trois critères.

La figure ci-dessus montre une classification des bactéries ...