Importer toutes les terminologies d’UMLS
Lorsque le paramètre terminologies
est absent, la fonction import_umls() importe
toutes les terminologies présentes dans UMLS. Nous pouvons
donc importer tout UMLS ainsi (attention, cela demande au moins
20 Go d’espace disque, 16 Go de mémoire
vive, et près d’une heure) :
>>> from owlready2 import *
>>> from owlready2.pymedtermino2 import *
>>> from owlready2.pymedtermino2.umls import *
>>> default_world.set_backend(filename = "pymedtermino.sqlite3",
... sqlite_tmp_dir = "/home/jiba/tmp")
>>> import_umls("umls-2018AB-full.zip")
>>> PYM = get_ontology("http://PYM/").load()
Notez que, lors de l’appel à la
méthode set_backend(),
nous avons ajouté le paramètre optionnel sqlite_tmp_dir,
qui indique un chemin vers un répertoire où stocker
les fichiers temporaires volumineux (voir chapitre Gestion du texte
: annotations, langue, recherche - section Charger DBpedia).
Ensuite, pour rechercher des concepts dans
toutes les terminologies à la fois, la méthode PYM.search() peut être utilisée :
>>> PYM.search("hypertension*")
[ CIM10["O10-O16"] # Œdème, protéinurie et hypertension au cours
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