Importer toutes les terminologies d’UMLS

Lorsque le paramètre terminologies est absent, la fonction import_umls() importe toutes les terminologies présentes dans UMLS. Nous pouvons donc importer tout UMLS ainsi (attention, cela demande au moins 20 Go d’espace disque, 16 Go de mémoire vive, et près d’une heure) :

>>> from owlready2 import *  
>>> from owlready2.pymedtermino2 import *  
>>> from owlready2.pymedtermino2.umls import *  
>>> default_world.set_backend(filename = "pymedtermino.sqlite3", 
...                            sqlite_tmp_dir = "/home/jiba/tmp") 
>>> import_umls("umls-2018AB-full.zip")  
>>> PYM = get_ontology("http://PYM/").load() 

Notez que, lors de l’appel à la méthode set_backend(), nous avons ajouté le paramètre optionnel sqlite_tmp_dir, qui indique un chemin vers un répertoire où stocker les fichiers temporaires volumineux (voir chapitre Gestion du texte : annotations, langue, recherche - section Charger DBpedia).

Ensuite, pour rechercher des concepts dans toutes les terminologies à la fois, la méthode PYM.search() peut être utilisée :

>>> PYM.search("hypertension*")  
[ CIM10["O10-O16"]    # Œdème, protéinurie et hypertension au cours 
     ...
Pour consulter la suite, découvrez le livre suivant :
couv_EPPYTONT.png
60-signet.svg
En version papier
20-ecran_lettre.svg
En version numérique
41-logo_abonnement.svg
En illimité avec l'abonnement ENI
130-boutique.svg
Sur la boutique officielle ENI
Précédent
Manipuler des ensembles de concepts
Suivant
Exemple : relier l’ontologie des bactéries à UMLS