Sommaire

Importer des terminologies à partir d’UMLS

PyMedTermino est un module Python permettant d’accéder aux terminologies médicales. La version 2 de PyMedTermino est directement incluse dans Owlready, vous n’avez donc pas besoin de l’installer.

Le module owlready2.pymedtermino2 permet d’importer tout ou partie d’UMLS dans un quadstore Owlready, via la fonction globale import_umls() :

import_umls("/chemin/vers/umls-2018AB-full.zip", 
       terminologies = [...], 
       langs = [...])

Le premier paramètre de la fonction est le chemin vers le fichier ZIP contenant UMLS, que nous avons téléchargé précédemment. Dans l’exemple ci-dessus, il s’agit d’un chemin local, mais il peut s’agir d’un chemin complet, par exemple /home/jiba/telechargements/umls2018AB-full.zip ou C:\\Downloads\\umls-2018AB-full.zip, selon l’endroit où vous avez enregistré ce fichier.

Le second paramètre est la liste des terminologies à importer. S’il est manquant, elles seront toutes importées. La page Internet suivante liste les terminologies disponibles dans UMLS (420 terminologies actuellement) et les codes associés : https://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/index.html

Le troisième paramètre indique les langues à importer, par exemple « fr » pour le français ou « en » pour l’anglais. ...