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Espace de nommageEspaces de nommage

Certaines ontologies définissent des entités dans un espace de nommage qui n’est pas le leur ; c’est le cas de GO. L’IRI de GO est http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl, ses entités possèdent des IRI qui commencent par http://purl.obolibrary.org/obo/ (sans le « go.owl »). Par conséquent, il n’est pas possible d’utiliser l’objet ontologie go pour accéder aux entités avec la Notation pointéenotation pointée :

>>> go.GO_0035065  
None

En effet, la ligne ci-dessus correspond à l’IRI http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl#GO_0035065 tandis que la vraie IRI du concept est http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0035065 (donc sans le « go.owl »).

Pour accéder aux entités de GO, il est possible d’utiliser le pseudo-dictionnaire global IRIS (voir Accéder aux entités). Une autre possibilité plus facile est de créer un espace de nommage (namespace en anglais) pour l’IRI « http://purl.obolibrary.org/obo/ », de la manière suivante :

>>> obo = get_namespace("http://purl.obolibrary.org/obo/") get_namespace()

L’espace de nommage obo peut ensuite être utilisé pour accéder aux entités avec la notation pointée :

>>> obo.GO_0035065  
obo.GO_0035065  
>>> obo.GO_0035065.label  
[’regulation of histone acetylation’]