Sommaire

Exemple : relier l’ontologie des bactéries à UMLS

Nous pouvons à présent reprendre l’ontologie des bactéries et la relier à l’UMLS. Pour cela, nous créerons des relations entre les concepts de cette ontologie et les concepts unifiés (CUI) d’UMLS. Comme il s’agit de classes, nous utiliserons les propriétés de classe d’Owlready (voir chapitre Constructeurs et restrictions, propriétés de classes, section Restrictions comme propriétés de classe). CUI Propriété:de classe

Les lignes de code suivantes permettent de relier les trois classes de bactéries (Pseudomonas, Streptocoque et Staphylocoque) aux CUI correspondants (que nous avons recherchés avec search()). Ces relations sont placées dans une nouvelle ontologie, nommée bacterie_umls.owl.

>>> onto = get_ontology("bacterie.owl").load()  
>>> onto_bacterie_umls = get_ontology("http://lesfleursdunormal.fr/ \ 
                                       static/_downloads/bacterie_umls.owl") 
 
>>> CUI = PYM["CUI"]  
 
>>> with onto_bacterie_umls:  
...     onto.Pseudomonas  .mapped_to = [ CUI["C0033808"] ]  
...     onto.Streptocoque .mapped_to = [ CUI["C0038402"] ]  
...     onto.Staphylocoque.mapped_to ...